長州藩の役人の長男として生まれました。
14歳のときペリーが来航します。本を読んで、外国への脅威を感じ、18歳で藩校明倫館（めいりんかん）に入学するとともに、吉田松陰（よしだしょういん）の松下村塾（しょうかそんじゅく）で学びます。

23歳のとき藩の命令で上海に渡航します。
西洋諸国の支配に苦しむ清の姿を目にし、攘夷（じょうい）を目指します。帰国後は、攘夷運動に身を投じます。
1863年の長州藩の外国船砲撃事件では、武士だけの軍隊のもろさを知り、階級や身分を超えた町人や農民からも兵隊を集め「奇兵隊」（きへいたい）を作ります。
幕府に従う藩の体制に対してクーデターを起こしますが、奇兵隊はその際にも活躍します。
晋作は肺結核にかかり1867年、28歳で世を去ります。