内大臣三条実万（さねつむ）の子として京都で生まれました。
父は安政の大獄（あんせいのたいごく） [注1] で謹慎の身で死に、その後継ぎとなりました。父の志を継ぎ、攘夷の計画を遂げようと、尊王攘夷（そんのうじょうい）派の公卿として、岩倉具視（いわくらともみ）らを中心とする公武合体（こうぶがったい）派と対立しながら力を強めていきました。
しかし、1863年、26歳の時、八月十八日の政変で攘夷派が京都から追い出されると、蓑笠（みのかさ）にわらじで長州に落ち延びました。（七卿落ち）
その後、太宰府（だざいふ）に移されました。

王政復古の後は京都に戻り、岩倉と並び新政府の副総裁となり、後に右大臣や太政大臣を歴任しました。
1885年に内閣制度ができ、太政官制（だじょうかんせい）が廃止された際の最後の太政大臣（だじょうだいじん）でした。