1863年8月18日、尊王攘夷（そんのうじょうい）の高まりを恐れた幕府は、公武合体の立場を取る薩摩藩や会津藩などに、長州藩を京都から追放させた（八月十八日の政変）。長州藩に同調していた三条実美（さんじょうさねとみ）などの公家も京都から追い出された（七卿落ち）。

1864年7月19日、長州藩の攘夷派は京都御所の蛤御門（はまぐりごもん）において、薩摩・会津・桑名藩などと衝突し、敗れる（蛤御門の変（はまぐりごもんのへん））。朝廷の意を受け、幕府は長州征討を諸藩に命じた（第1次長州征討）。

これまで長州藩と敵対してきた薩摩藩では、西郷隆盛（さいごうたかもり）らが主流となり、幕府の弱体化や軍備の増強を考え、長州藩と敵対せず、共に手を取り幕府を倒そうと考えた。

1866年1月21日、坂本竜馬（さかもとりょうま）や中岡慎太郎（なかおかしんたろう）の仲介により、薩摩藩の西郷隆盛（さいごうたかもり）と長州藩の木戸孝允（きどたかよし）との間で薩長同盟（さっちょうどうめい）が結ばれた。これにより、その後の倒幕運動に弾みがつく。史料は、木戸が書いた内容で間違いないことを、木戸の手紙の裏に竜馬が朱で書いたもの。

第2次長州征討には、薩長同盟により薩摩藩は参加しなかった。長州藩では、高杉晋作（たかすぎしんさく）が農民や町人も加わった西洋式軍隊である奇兵隊（きへいたい）を組織し、活躍した。

凶作や長州戦争、外国との貿易などで経済は混乱した。民衆は、貧富の差が無くなる「世直し」を期待し、豪商や豪農を襲う「打ちこわし」や「世直し一揆（よなおしいっき）」が起こる。
『新聞薈叢(しんぶんかいそう)』には万民が平和を楽しみ、夜の戸締まりも要らないなど「世界第一の善国」にしたいという世直しの理想が見える。