1868年1月、大政奉還後の徳川慶喜（とくがわよしのぶ）への処遇に不満の旧幕府軍が新政府軍と京都で衝突。「鳥羽・伏見の戦い」（とば・ふしみのたたかい）に始まる戊辰戦争（ぼしんせんそう）は1年半に及んだ。 旧幕府軍の最高指揮官、徳川慶喜（とくがわよしのぶ）が大阪城を抜け、軍艦で江戸に向かったことで、旧幕府軍は総崩れとなった。

新政府軍が江戸城に迫ると、13代将軍徳川家定（とくがわいえさだ）の正室篤姫（あつひめ）（天璋院（てんしょういん））は、14代将軍徳川家茂（とくがわいえもち）の正室和宮（かずのみや）（静寛院（せいかんいん））と協力して、徳川家の存続を働きかける 。

新政府軍による江戸城総攻撃は、勝海舟（かつかいしゅう）と西郷隆盛（さいごうたかもり）との話合いにより中止となり、江戸城は「無血開城」となる。

上野寛永寺（かんえいじ）に謹慎する徳川慶喜を守る「彰義隊」（しょうぎたい）が結成され、上野戦争が起きたが、新政府軍の大村益次郎（おおむらますじろう）などにより一日で鎮められた。

会津藩を討とうとする新政府軍に対抗して、東北諸藩は奥羽列藩同盟（おううれっぱんどうめい）を結び、新政府軍と戦うことになる。中立を唱えていた長岡藩も奥羽越列藩同盟（おううえつれっぱんどうめい）に加わり、新政府軍と戦った。

会津若松城（鶴ヶ城）の煙を落城と見た会津藩の少年藩士白虎隊（びゃっこたい）は、自害してしまう。会津藩もついに降伏。

新政府軍の箱館（函館）総攻撃に、旧幕府軍は海軍副総裁の榎本武揚（えのもとたけあき）や新撰組の土方歳三（ひじかたとしぞう）らが五稜郭（ごりょうかく）を本拠に戦うが敗れ、戊辰戦争（ぼしんせんそう）は終結。